首都醫(yī)科大學總共有27個專業(yè)。

首都醫(yī)科大學本科專業(yè)有18個：七年制臨床醫(yī)學專業(yè)、七年制臨床醫(yī)學專業(yè)（兒科醫(yī)學專業(yè)方向）、七年制口腔醫(yī)學專業(yè)、五年制本科中醫(yī)學專業(yè)、五年制本科臨床醫(yī)學專業(yè)、五年制本科口腔醫(yī)學專業(yè)、五年制本科基礎醫(yī)學專業(yè)、五年制本科預防醫(yī)學專業(yè)、四年制本科法學專業(yè)（衛(wèi)生法學專業(yè)方向）、五年制本科臨床藥學專業(yè)、四年制本科護理學專業(yè)、四年制本科中藥學專業(yè)、四年制本科藥學專業(yè)、四年制本科康復治療學專業(yè)、四年制本科醫(yī)學檢驗技術(shù)專業(yè)、四年制本科假肢矯形工程專業(yè)、四年制本科生物醫(yī)學工程專業(yè)、四年制本科公共事業(yè)管理專業(yè)。

首都醫(yī)科大學?？茖I(yè)有9個：三年制臨床醫(yī)學專業(yè)（農(nóng)村基層定向）、三年制臨床醫(yī)學?？疲ㄉ絽^(qū)、半山區(qū)定向）、三年制藥學專業(yè)（辦學地點：燕京醫(yī)學院）、三年制醫(yī)學檢驗技術(shù)專業(yè)、三年制衛(wèi)生信息管理專業(yè)、三年制口腔醫(yī)學技術(shù)專業(yè)、三年制護理專業(yè)、三年制護理專業(yè)（宣武醫(yī)院定向）、二年制護理專業(yè)。