福建醫(yī)科大學總共有18個專業(yè)。

福建醫(yī)科大學本科專業(yè)有14個：臨床醫(yī)學、應用心理學、英語、麻醉學、醫(yī)學影像學、醫(yī)學檢驗、口腔醫(yī)學、護理學、藥學、康復治療學、藥物制劑、預防醫(yī)學、公共事業(yè)管理、社會工作。

福建醫(yī)科大學其他專業(yè)有4個：生物制藥、食品質量與安全、基礎醫(yī)學、臨床藥學。