山東農(nóng)業(yè)工程學院總共有46個專業(yè)。

山東農(nóng)業(yè)工程學院本科專業(yè)有8個：設施農(nóng)業(yè)科學與工程、機械電子工程、物聯(lián)網(wǎng)工程、測繪工程、食品質(zhì)量與安全、物流工程、土地資源管理、視覺傳達設計。

山東農(nóng)業(yè)工程學院?？茖I(yè)有38個：食品營養(yǎng)與檢測（中澳合作）、經(jīng)濟管理、食品營養(yǎng)與檢測、市場營銷、農(nóng)村能源與環(huán)境技術(shù)、動漫設計與制作、物流管理、裝潢藝術(shù)設計、金融與證券、環(huán)境藝術(shù)設計、連鎖經(jīng)營管理、通信技術(shù)、計算機應用技術(shù)、會計、計算機網(wǎng)絡技術(shù)、軟件技術(shù)、會計電算化、商務英語、國際商務、食品質(zhì)量與安全監(jiān)管、電子商務、文秘、畜牧獸醫(yī)、應用韓語、園林技術(shù)、物業(yè)管理、園藝技術(shù)、國土資源管理（?？疲⒅参锉Ｗo、作物生產(chǎn)技術(shù)、房地產(chǎn)經(jīng)營與估價、林業(yè)技術(shù)、建筑工程管理、報關(guān)與國際貨運、地籍測繪與土地管理信息技術(shù)、機電一體化技術(shù)、電氣自動化技術(shù)、汽車檢測與維修技術(shù)。