瑞安市第六中學(xué)創(chuàng)辦于1956年10月，原名“瑞安縣第五初級中學(xué)”，招收全縣小學(xué)畢業(yè)生和社會青年(為三年全日制初級中學(xué))。1958年改名“馬嶼中學(xué)”。1971改校名為“瑞安縣馬嶼區(qū)中學(xué)”(縣直屬中學(xué))，增設(shè)高中部，成為完全中學(xué)。1992年，改名為“瑞安市第六中學(xué)”，為瑞安市教育局直屬公辦全日制普通高級中學(xué)。

辦學(xué)至今，學(xué)校培養(yǎng)了18000多名初、高中畢業(yè)生，其中有現(xiàn)任中共二十屆中央政治局常委，國務(wù)院總理、黨組書記的74屆初中、76屆高中校友李強(qiáng),浙江工業(yè)大學(xué)經(jīng)貿(mào)管理學(xué)院池仁勇教授,溫州大學(xué)副校長蔡曙光教授,教授級高工黃仕勇,99屆高中校友杭州電子科技大學(xué)副院長、博士生導(dǎo)師葉仁道教授,商界驕子“阿里巴巴十八羅漢”之一的85屆初中校友謝世煌等一批知名校友和各界精英,辦學(xué)成果豐碩。

學(xué)校坐落于素有“浙南五縣通衢”之稱的馬嶼鎮(zhèn)鎮(zhèn)中心。占地面積27112.2多平方米，建筑面積23201多平方米，集中綠地面積4967多平方米。

學(xué)?，F(xiàn)有教學(xué)班24個，教職工94人，其中研究生7人，省市縣優(yōu)秀教師、教壇新秀、骨干教師30多人，高級教師35名，高級職稱教師占專任教師37%。

學(xué)校秉持“生態(tài)自覺教育”的辦學(xué)理念，持續(xù)推進(jìn)“生態(tài)而自悟的德育”、“生態(tài)而自主的課堂”、“生態(tài)而自省的評價”、“生態(tài)而自覺文化”的“四自教育”，培育“會學(xué)習(xí)•有術(shù)藝•會生活•有擔(dān)當(dāng)”的具有“和合、公平、自主、可持續(xù)”的生態(tài)自覺型時需人才。目前已形成“DIY體驗(yàn)•四自教育”的鮮明辦學(xué)特色，朝著“省級知名城鎮(zhèn)特色高中”近期辦學(xué)目標(biāo)堅(jiān)定前行，朝著內(nèi)涵式發(fā)展的生態(tài)校園邁進(jìn)。

近年來被授予授予浙江省二級特色示范普高、浙江省文明單位、浙江省教科研先進(jìn)學(xué)校、浙江省第二批普通高中學(xué)科基地學(xué)校(綜合實(shí)踐活動)、浙江省教師發(fā)展學(xué)校、浙江省綠色學(xué)校、溫州市促進(jìn)有效學(xué)習(xí)課堂變革項(xiàng)目優(yōu)秀試點(diǎn)學(xué)校、溫州市示范家長學(xué)校、溫州市民間藝術(shù)特色學(xué)校、溫州市中小學(xué)教育質(zhì)量綜合評價改革試點(diǎn)學(xué)校、溫州市示范數(shù)字化學(xué)校、溫州市功能室建設(shè)達(dá)標(biāo)學(xué)校、溫州市教育信息化工作先進(jìn)單位、溫州市陽光體育后備人才基地、溫州市高中數(shù)學(xué)學(xué)科教研基地、溫州市心理健康一級輔導(dǎo)站等省市各類榮譽(yù)10多項(xiàng)。

近年來學(xué)校教育教學(xué)質(zhì)量突出，2016學(xué)年至2021學(xué)年連續(xù)六年獲得瑞安市教育教學(xué)質(zhì)量獎，其中三年獲得溫州市教育教學(xué)質(zhì)量獎。

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