藥學專業(yè)藥學專業(yè)從2003年開始籌建，于2005年掛靠在化學學院開始招收本科生，2007年藥學院正式成立，2008年9月藥學專業(yè)本科生學籍全部轉入藥學院。
專業(yè)培養(yǎng)目標：根據南開大學“公能”素質教育“以德為先，能力為重、全面發(fā)展、勇于創(chuàng)新”的核心理念，以“課堂教學、校園文化、社會實踐”三位一體的人才培養(yǎng)模式，堅持全員育人、全過程育人和全方位育人，著力培養(yǎng)信念執(zhí)著、品德優(yōu)良、知識豐富、本領過硬的高素質專門人才和拔尖創(chuàng)新人才。
本專業(yè)按一級學科招收本科生，按“前期趨同，后期分化”的原則實施教學，以知識結構多元化為目標，即學生在前2.5～3年，學好藥學、生物、基礎醫(yī)學、化學、語言等基礎課程，后1～1.5年學生根據自己的興趣愛好自由選擇藥學、藥物化學、藥物分析、藥物制劑和生物藥物（非發(fā)酵專業(yè)）等感興趣的方向進行學習和研究。
專業(yè)主要課程：藥物化學、藥物分析、藥劑學、藥理學、生物化學、天然藥物學、人體解剖生理學、無機分析化學、有機化學、物理化學、藥學綜合實驗等19門必修課程；另有41余門選修課供學生根據自身情況選擇。
我們與化學院、生命科學院和醫(yī)學院密切合作，以上述課程為基礎，把專業(yè)分為三個研究方向：藥化方向、藥劑方向和生物方向，讓學生根據自己的興趣愛好自由選擇感興趣的方向進行學習和研究。
就業(yè)方向：畢業(yè)后能盡快適應在藥物研究、開發(fā)、生產、檢驗、流通和使用等藥學領域從事藥物前期設計、合成和篩選，藥物生產、藥物制劑與劑型的設計制備、藥物分析及質量監(jiān)控、藥物臨床使用和監(jiān)督管理等方面的科學研究、開發(fā)、應用、教學與管理等工作。
2013屆畢業(yè)生中，有38%的同學進入北京大學、清華大學、南開大學、中科院上海藥物所、協(xié)和藥物所等國內一流高校和科研機構攻讀研究生；有10%的同學申請出國深造；就業(yè)的同學大多進入葛蘭素史克等知名藥企或通過公務員考試進入各地藥監(jiān)等部門工作。