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中國科學院大學2021在全國本科院校排名第17位，強于第18名的國防科技大學，第19名的同濟大學，第20名的山東大學，第21名的中南大學，第22名的北京師范大學。在北京排第4名，強于第5名的北京師范大學，第6名的北京航空航天大學，第7名的北京理工大學，第8名的中國農業(yè)大學，第9名的北京科技大學。

綜合實力排名（校友會版）

在全國本科院校排名第3位，在北京排第3名。